Không chỉ là trung tâm công nghiệp sửa chữa và đóng mới tàu, Công ty Sông Thu còn được giao nhiệm vụ quan trọng là Trung tâm Quốc gia ứng phó sự cố tràn dầu miền Trung (thuộc Uỷ ban Quốc gia Tìm kiếm Cứu nạn). Đây là một đơn vị hạch toán độc lập của Công ty, được ra đời từ tháng 12 năm 2002 căn cứ theo Điều 1, Khoản 2 - Mục B, Mục C và Khoản 3 - Mục B tại Quyết định 129 ngày 29/08/2001 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Kế hoạch Quốc gia ứng phó sự cố tràn dầu giai đoạn 2001 – 2010 (đính kèm chi tiết Quyết định 129) và chính thức đi vào hoạt động tháng 09 năm 2004. Hiện nay, Công ty đã mở thêm cơ sở mới tại khu vực Vân Phong (Khánh Hòa) và chuẩn bị đầu tư cho cơ sở Dung Quất (Quảng Ngãi) nhằm nâng cao năng lực, khả năng ứng phó kịp thời với sự cố tràn dầu trong trường hợp khẩn cấp. Hơn 5 năm qua, Trung tâm Quốc gia ứng phó sự cố tràn dầu miền Trung đã tích cực tham gia giải quyết nhiều sự cố tràn dầu, cụ thể là:
- Sự cố tràn dầu tàu Mỹ Đình tại đảo Cát Bà – Hải Phòng tháng 12/2004;
- Sự cố tàu Sông Thương tại vùng biển Chân Mây – Thừa Thiên Huế năm 2005;
- Sự cố tàu Aris (Thái Lan) tại Cảng Qui Nhơn – Bình Định năm 2006;
- Chiến dịch thu hồi trên 1.900 tấn dầu thô các loại tại 12 tỉnh, thành ven biển miền Trung (từ Quảng Bình, Quảng Trị đến Bình Thuận) đưa về khu tiêu hủy từ tháng 01 đến tháng 07/2007;
- Sự cố tàu Đức Trí tại thị xã Lagi – tỉnh Bình Thuận tháng 03/2008;
- Sự cố tàu New Oriental tại vùng biển huyện Tuy An – tỉnh Phú Yên tháng 10/2008;
- Sự cố tại Kho cảng xăng dầu hàng không Liên Chiểu (Hoà Hiệp – Liên Chiểu – Đà Nẵng) tháng 10/2008;
- Sự cố tại Lò đốt nhiên liệu của Nhà máy sản xuất tinh bột mỳ Quảng Ngãi (Tịnh Phong – Sơn Tịnh – Quảng Ngãi) tháng 11/2008;
- Sự cố đứt khớp nối ống dẫn dầu từ tàu EAGLE MILWAUKEE (Phao rót dầu không bến (SPM) – Dung Quất – Quảng Ngãi) tháng 11/2008;
- Sự cố tại Kho xăng dầu H182 (Hoà Hiệp – Liên Chiểu – Đà Nẵng) tháng 12/2008;
- Sự cố tàu Thiên Tân ALC1 và tàu Vinashin1 ở cách mũi Chân Mây khoảng 19,3km – tỉnh Thừa Thiên Huế tháng 04/2009;
- Sự cố tại vùng biển tỉnh Bình Định (huyện Phù Cát – tỉnh Bình Định) tháng 05/2009;
- Sự cố chìm tàu Lucky Dragon tại vùng biển Bắc Mỹ An, Đà Nẵng tháng 11/2009;
- Sự cố chìm tàu VITAMIN GAS tại vùng biển tỉnh Bình Định tháng 01/2010;
- Sự cố tràn xăng dầu của Công ty Cổ phần vật tư tổng hợp Phú Yên tại vùng biển Vũng Rô – tỉnh Phú Yên tháng 01/2010;
- Sự cố chìm tàu An Phát tại đảo Cồn Cỏ, vùng biển tỉnh Quảng Trị tháng 03/2010.
Có thể nói, với cơ sở, nguồn lực, phương tiện, trang thiết bị và kinh nghiệm ứng phó, xử lý các sự cố tràn dầu từ năm 2004 đến nay, Công ty Sông Thu đã đảm nhiệm thành công vai trò Trung tâm Quốc gia Ứng phó sự cố tràn dầu tại Miền Trung với chức năng chính là cung ứng dịch vụ ứng phó sự cố tràn dầu cho các tỉnh duyên hải miền Trung từ Quảng Bình đến Bình Thuận.